Valtické podzemí existovalo prokazatelně před rokem 1270, ale pravděpodobně bylo vybudováno v románských dobách. Právě v těchto místech byl založen klášter minoritů a jeho obyvatelé podzemní prostory rozšířili nebo sami vybudovali. Klášter byl zničen v období husitských válek,  pobořené budovy získal františkánský řád, ale roku 1529 byl poškozen nájezdem tureckého oddílu. Potom došlo v důsledku prudce se rozvíjející reformace k odchodu řeholníků a konventní budovy byly roku 1544 rozebrány a zachován zůstal pouze kostel a podzemí. Budova kláštera stála na jihozápadní straně města u hořejší brány. Klášter měl podobu neúplného obdélníku a konventní kostel měl podobu tehdejších františkánských kostelů s věží u vchodu. Měl pět oltářů a nesl zasvěcení Michalu archandělovi. Jeho jednolodní půdorys s opěráky a typickým dlouhým presbyteriem je zřetelný na archivním plánu z konce 18. století, a s velkou pravděpodobností se tak uchovala raně gotická dispozice.